Eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ, Özel Yetkili Mahkemeler ile ilgili yaptığı açıklamaya sert tepki gösteren Cumhurbaşkanı Erdoğan'a verdiği yanıtta "Türk Milletine ve TSK'ya saygı ve sorumluluklarımız çerçevesinde doğru bildiklerimizi söylemekten hiçbir şey bizi alıkoyamayacaktır" ifadelerini kullandı.
Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan, AK Parti Grup Toplantısı'nda Eski Genelkurmay Başkanı emekli Orgeneral İlker Başbuğ'un "2009’da askerlerin özel yetkili mahkemelerde yargılanma teklifini getirenler araştırılsın" açıklamasına tepki göstererek milletvekillerine "Başbuğ’a dava açın" çağrısında bulunmuştu.
Erdoğan'ın kendisini eleştiren ifadelerine yanıt veren Başbuğ ise, tartışma konusu olan yasa değişikliğiyle ilgili olarak "Bu iki değişiklik yapılmamış olsaydı Kayseri ve Erzincan soruşturmaları ile 2009 yılında bile FETÖ’ye ciddi bir darbe indirilebilirdi" yorumunda bulundu.